隐藏社区是《女神异闻录3》中重要的隐藏元素，需要满足一定的条件才能解锁。与智亲贤二的好感度达到3级后，放学后在教室里交谈就可以得到有关美食王的信息。然后前往桐叶购物中心与末光希见面。正确回答三个问题并提交神秘食物即可解锁月食王社区。这三个问题的答案分别是费洛蒙咖啡、红茶和叶隐盖饭。神秘的食物需要通过爬塔、打开宝箱来获得。当你和优子的友谊达到4级后，你可以通过在走廊里交谈来获取俱乐部里武僧的信息。晚上去放纵会所二楼认识僧人。向调酒师订购任务后，即可解锁塔内独特的僧侣社群。点餐任务需要询问四位顾客，并正确回答Kir、血腥玛丽、卡西斯橙汁和乌龙茶的问题。
隐藏元素还包括特定角色爱情故事的触发条件。游戏中有竹叶由香里、桐城光、山岸和香、Aigis、西胁优子、伏见千寻等可玩角色。每个角色都有独特的背景故事和触发条件。触发爱情剧情需要满足时间、魅力值、节日限制等条件。魅力值必须达到满级。假期期间社区水平无法提高。完成某些浪漫情节后，玩家将获得西布莉的女神，这是由注定的乌列尔和恶魔阿巴顿结合而成的特殊奖励。
黄昏碎片是另一个重要的隐藏收集元素，共有17 个碎片散布在城市各处。大部分碎片可以在自由探索阶段拾取，但宿舍楼顶和放纵俱乐部碎片需要满足一定条件才能获得。屋顶碎片需要在特定日期解锁，放纵俱乐部需要勇气才能达到2级。收集所有黄昏碎片可以解锁特殊奖杯。建议玩家在探索过程中仔细搜索每一个角落，以免错过。黄昏碎片的位置比较隐蔽，有些需要与环境交互才能发现。
隐藏委托任务也是游戏的重要组成部分。这些任务通常不会直接提示，需要玩家主动探索并触发。任务类型包括物品收集、特定敌人讨伐、人物塑造等，完成任务后可以获得丰厚奖励。有些委托需要完成之后才能解锁。例如，人工岛项目的文书工作任务有多个阶段。佣金奖励包括特殊装备、技能卡、服装等，对角色养成和战斗有很大帮助。建议玩家定期查看任务列表，合理安排时间来完成这些隐藏任务。
角色合成系统隐藏着深厚的玩法，通过特定的组合可以打造出强大的特殊角色。合成不仅需要考虑基本角色的属性，还需要考虑社区层面的影响。一些高级人物角色只有在特定社区达到一定级别后才能合成。例如，当帝王会达到2级以上时，奥伯森需要与莉莉姆和独角兽合成。天鹅绒房间提供的合成功能是游戏的核心系统之一。玩家应该充分利用这个系统来打造适合自己战斗风格的强大角色阵容。
